Korzeń jest odłamem ANBU podlegającym Haruhiko Hayashi. Większość zadań polega na zabijaniu potencjalnych wrogów Konohagakure, jak również do spełniania planu Haruhiko odnośnie jego awansu na stanowisko Hokage.
Korzeń jest głęboko zakonspirowaną organizacją. Jego członkowie to w dużej mierze sieroty wojenne, jak Sai, przygarnięte i wychowane przez Danzō na posłusznych shinobi nie ulegających emocjom, spełniającym każde polecenie swojego przywódcy. Każdy z członków Korzenia ma swój pseudonim, większość nie zna nawet swych prawdziwych imion.

Każdy członek ma specjalną pieczęć na swoim języku, która uaktywnia się kiedy ktoś chce zdradzić lidera, paraliżując całe ciało i uniemożliwiając poruszanie się i mówienie. Pieczęć została założona przez Danzō aby zapobiec ujawnieniu informacji o nim i jego organizacji podczas przesłuchań. Pieczęć zniknęła po śmierci Haruhiko